เกษตรธรรมชาติเป็นระบบเกษตรที่คำนึงถึงระบบนิเวศและสภาพแวดล้อมมีหลายแนวคิดที่รู้จักกันอย่างแพร่หลาย เช่น แนวคิดของมาซาโนบุ ฟูกูโอกะ แนวคิดเกษตรธรรมชาติคิวเซของโมกิจิ โอกาดะ และ แนวคิดเกษตรธรรมชาติเกาหลีของ ฮาน คิว โช ส่วนใหญ่แนวคิดของเกษตรธรรมชาติจะมีหลักการที่คล้ายคลึงกัน คือ การไม่ไถพรวนดิน ไม่ใส่ปุ๋ยเคมี ไม่กำจัดวัชพืช ใช้การคลุมดิน ใช้พลังจากสิ่งต่างๆ ที่มีอยู่ในธรรมชาติ และให้ความสำคัญกับดินเป็นอันดับแรกด้วยการปรับปรุงดินให้มีพลังในการเพาะปลูก เหมือนกับดินในป่าที่มีความอุดมสมบูรณ์ตามธรรมชาติ โดยการนำทรัพยากรธรรมชาติที่มีอยู่มาใช้ให้เกิดประโยชน์สูงสุด ซึ่งเป็นวิธีการที่ไม่ก่อให้เกิดผลเสียต่อสภาพแวดล้อม โดยไม่เป็นอันตรายต่อเกษตรกรและผู้บริโภค สามารถให้ผลผลิตที่มีทั้งปริมาณและคุณภาพ ถือได้ว่าเป็นระบบเกษตรที่มีความยั่งยืนมั่นคง

ในการทำเกษตรกรรมธรรมชาติ จะมีการจัดระบบการปลูกพืชและเลี้ยงสัตว์ที่สอดประสานกับธรรมชาติอย่างเกื้อกูลซึ่งกันและกัน งดเว้นกิจกรรมที่ไม่จำเป็นหลักๆ ได้แก่ ไม่มีการพรวนดิน ไม่กำจัดวัชพืช ไม่ใช้ปุ๋ยเคมีและสารเคมีกำจัดศัตรูพืช เป็นปฏิบัติการทางการเกษตรที่คำนึงถึง ดิน พืช และแมลง ไปพร้อมๆ กัน คือ มีการปรับปรุงดินให้มีความอุดมสมบูรณ์ ปลูกพืชตระกูลถั่วหรือใช้เศษซากพืชคลุมดิน ปลูกพืชหลากหลายชนิด และอาศัยการควบคุมโรคแมลงศัตรูพืชด้วยกลไกการควบคุมกันเองของสิ่งมีชีวิตตามธรรมชาติ ทำให้มีการอนุรักษ์แมลงที่มีประโยชน์พร้อมไปด้วยกัน จึงเป็นการปลูกพืชในสภาพแวดล้อมที่มีความสมดุลทางนิเวศวิทยา

ปรัชญาและมุมมองของเกษตรธรรมชาติได้ตั้งคำถามเกี่ยวกับวิธีการทำการเกษตรในปัจจุบันว่าได้ไปไกลเกินขอบเขตธรรมชาติมากน้อยเพียงใด ระบบการทำเกษตรกรรมของมนุษย์ที่มุ่งเน้นการผลิตสินค้าเพื่อตอบสนองต่อระบบตลาด ได้เข้าไปแทรกแซงธรรมชาติมากจนเกินควร เช่น การใช้จุลินทรีย์ต่างถิ่นมาปรับปรุงบำรุงดินเพื่อเพิ่มผลผลิต การนำแมลงต่างถิ่นมาควบคุมแมลงศัตรูพืช และการใส่ปุ๋ยหมักอย่างเกินความจำเป็น เป็นต้น ซึ่งวิธีการเหล่านี้ได้ไปทำลายสมดุลของระบบธรรมชาติ ทั้งที่มีวิธีการทำการเกษตรที่เป็นมิตรและใกล้ชิดกับธรรมชาติมากกว่า แต่ไม่ได้รับการส่งเสริมพัฒนาให้เจริญก้าวหน้าในยุคสมัยที่เกษตรกรรมเป็นเพียงเครื่องมือของระบบตลาดที่ไม่คำนึงถึงผลพวงที่ตามมา ไม่ใช่วิถีการดำเนินชีวิตที่เป็นส่วนหนึ่งของธรรมชาติ

รูปแบบการทำเกษตรธรรมชาติ จะเน้นการนำกระบวนการควบคุมธรรมชาติโดยธรรมชาติ โดยไม่มีการใช้สารเคมีในการป้องกันและกำจัดศัตรูพืช รวมทั้งไม่ใช้ปุ๋ยเคมีหรือเทคโนโลยีใดๆ เข้ามาแทรกแซงหรือใช้ในการปรับปรุงทรัพยากรธรรมชาติ การดำเนินกิจกรรมธรรมชาติจะต้องไม่ไถพรวนดิน ซึ่งก่อให้เกิดการทำลายโครงสร้างดิน เนื่องจากธรรมชาติได้สร้างให้ดินมีกระบวนการที่เป็นการไถพรวนในตัวเอง